Ο Μανόλης Παπαϊωάννου υπήρξε μάχιμος δικηγόρος για πάνω από 50 χρόνια, ενώ ήταν από τους πρώτους που συμμετείχαν το 1967 στο αντιστασιακό κίνημα και από εκείνους που συνελήφθησαν και καταδικάστηκαν από το Στρατοδικείο το οποίο τον έστειλε στη φυλακή.
Ήδη από τις αρχές του Νοεμβρίου 1967, μετά από την τοποθέτηση πέντε αυτοσχέδιων βομβών στο Ηράκλειο στις 5 Νοεμβρίου ακολούθησαν πολλές συλλήψεις στο Ηράκλειο μεταξύ αυτών και του Παπαϊωάννου. Επίσης ρίχθηκαν προκηρύξεις, αντιδικτατορικού περιεχομένου, που είχε τυπώσει ο υποφαινόμενος με αυτοσχέδιο τυπωτικό μηχάνημα, καθώς επίσης και πυροβολισμοί στους δρόμους της πόλης.
Όλοι παραπέμφθηκαν με σοβαρές κατηγορίες, μερικές από τις οποίες επέσυραν την ποινή του θανάτου σύμφωνα με τον Α.Ν. 509/1947. Εξαιτίας όμως της αμνηστείας που χορηγήθηκε μετά το αποτυχόν πραξικόπημα της 13ης Δεκεμβρίου 1967 οι πιο σοβαρές κατηγορίες αμνηστεύτηκαν.
Κατόπιν τούτου το έκτακτο στρατοδικείο Χανίων ύστερα από πολυήμερη συνεδρίαση με την με αριθμ. 1/1968 απόφασή του καταδίκασε τους περισσότερους σε ποινές φυλάκισης με τριετή αναστολή. Επτά όμως από αυτούς καταδικάστηκαν σε πολυετείς φυλακίσεις τις οποίες εξέτισαν σε διάφορες φυλακές της χώρας .
Ανάμεσα στους 7 και ο Μαν.Παπαϊωάννου που έκανε δύο χρόνια στη φυλακή. Οι άλλοι ήταν: Φοίβος Ιωαννίδης, στον οποίο επιβλήθηκε ποινή 11 ετών, Δημήτρης Ξυριτάκης (3,5 χρόνια), Παπαπέτρος Γαβαλάς (2 χρόνια), Γιώργος Ουρανός (4 χρόνια), Στράτος Μεσσίνης (4 χρόνια), Γιώργος Γιαννόπουλος (4 χρόνια).
Μετά την μεταπολίτευση ασχολήθηκε με τα κοινά, με το δικηγορικό σύλλογο, ενεπλάκη και στις δημοτικές εκλογές του Ηρακλείου, ενώ σε πρώτη γραμμή ήταν η δικηγορία στην οποία και διακρίθηκε με το μοναδικό ύφος και ήθος του.
Τη δεκαετία του 2000 ανέλαβε για μικρό διάστημα την προεδρία του Οργανισμού Λιμένος Ηρακλείου.