“…Αν ξαναγινόμουν είκοσι χρόνων θα ξεκινούσα από τις κορφές των βουνών, αντάρτης, ληστής, πειρατής, ν’ ανοίξω τα μάτια εκείνων που δέχονται αδιαμαρτύρητα τη μοίρα τους, όσο και κείνων που εθελοτυφλούν. Όχι, η επανάστασή μου δε θα στρεφόταν κατά του καταστημένου και του συστήματός του, αλλά εναντίον εκείνων που το ανέχονται. Θα σκότωνα, θα τσάκιζα την κακομοιριά, την υποταγή, την ταπεινοφροσύνη…*
Γεννήθηκε στο Ηράκλειο της Κρήτης στις 17 Ιουνίου του 1922, όπου πέρασε τα παιδικά της χρόνια. Κατάγεται από την Νεάπολη Λασιθίου. Ο πατέρας της ήταν εκδότης εφημερίδας «Ανόρθωση», με ιδιαίτερα φιλελεύθερες ιδέες για την εποχή του και πάθος για τη δημοσιογραφία. Η Λιλή Ζωγράφου φοίτησε στο «Λύκειο Κοραής» και στο «ΚαθολικόΓυμνάσιο Ουρσουλινών» της Νάξου. Σπούδασε φιλολογία στην Ελλάδα και στο εξωτερικό. Κατά την διάρκεια της γερμανικής κατοχής και ενώ ήταν έγκυος, φυλακίστηκε για αντιστασιακή δράση και γέννησε στην φυλακή την θυγατέρα της, μετέπειτα ποιήτρια Ρένα Χατζηδάκη (1943–2003). Μετά την απελευθέρωση, εργάσθηκε ως δημοσιογράφος σε γνωστά περιοδικά και εφημερίδες, ταξιδεύοντας παράλληλα πολύ στην Ευρώπη και στις Ανατολικές χώρες. Την περίοδο 1953–1954 έζησε στο Παρίσι.
Δημοσίευσε μικρά έργα της σε λογοτεχνικά περιοδικά και πρωτοεμφανίστηκε στην βιβλιογραφία το 1949 με την συλλογή από νουβέλες με τίτλο «Αγάπη». ‘Εγινε ευρύτερα γνωστή 10 χρόνια αργότερα, με το βιβλίο της για τον Νίκο Καζαντζάκη, «Νίκος Καζαντζάκης, ένας τραγικός». Kατά τη διάρκεια της δικτατορίας (1967–1974) δημοσίευε στο δεκαπενθήμερο περιοδικό ΓΥΝΑΙΚΑ – που απευθυνόταν σε καλλιεργημένες γυναίκες της μέσης τάξεως – άρθρα με ανατρεπτικό και πολιτικά τολμηρό περιεχόμενο που έκρυβαν τον κίνδυνο να εξοργίσουν την στρατιωτική εξουσία. Εξέφρασε έτσι τις δυνάμεις της νεολαίας που επρόκειτο αργότερα να κάνουν τη δική τους εξέγερση. Τα άρθρα εκείνα έμπασαν στον Τύπο της εποχής ένα καινούργιο ρεύμα ελευθερίας και ανανεώσεως και έγιναν σημεία αναφοράς και ελπίδας για ένα καλύτερο μέλλον – όχι μόνον για τις γυναίκες αναγνώστριες του περιοδικού, που είδε την κυκλοφορία του να απογειώνεται. Έδινε τότε διαλέξεις και οι αίθουσες ήταν κατάμεστες από νέο κυρίως κόσμο. Το 1971 έγραψε και το βιβλίο της για τον Ελύτη, «Ελύτης Ο Ηλιοπότης», το οποίο είχε δώσει στον ίδιο να το διαβάσει πριν δημοσιευτεί. Ο Ελύτης δεν το ενέκρινε, την απέτρεψε – σχεδόν της απαγόρευσε – να το δημοσιεύσει. Εκείνη όχι απλώς το δημοσίευσε αλλά και σε δημόσιες διαλέξεις της φανέρωσε, με πολλή στενοχώρια, την αποδοκιμασία του ποιητή για το βιβλίο της.
Ο Ελύτης, ο οποίος αργότερα βραβεύθηκε με το Νομπέλ Λογοτεχνίας, ίσως ήταν ευαίσθητος να μην «παρερμηνεύεται» η ποίησή του, αλλά και η Λιλή Ζωγράφου υπερασπίστηκε το δικαίωμά της να γράφει αυτά που είδε στην ποίησή του. Αυτή η πνευματική ελευθερία, η εγρήγορση και η έντιμη μαχητικότητα είναι χαρακτηριστική της Ζωγράφου σε όλα όσα έκανε και έγραψε, ακόμη και στα «λάθη» της. Δημοσίευσε 24 βιβλία (μυθιστορήματα, νουβέλες και δοκίμια) που έχουν κάνει αλλεπάλληλες εκδόσεις. Έγραψε σημαντικά δοκίμια για Έλληνες και ξένους συγγραφείς. Επιπλέον, το μυθιστόρημά της «Η αγάπη άργησε μια μέρα» (1994) διασκευάστηκε για την ελληνική τηλεόραση. Ο λόγος της υπήρξε αντισυμβατικός και χαρακτηρίστηκε ως η σκοτεινή θεά Εκάτη της λογοτεχνίας μας.
Κάπνιζε σαν φουγάρο, ταξίδεψε πολύ, αγαπούσε τις γάτες και τα σκυλιά, αγάπησε και αγαπήθηκε, φυλακίστηκε, νοσηλεύτηκε σε ψυχιατρική κλινική, παντρεύτηκε τρεις φορές και αποπειράθηκε να αυτοκτονήσει άλλες τρεις.
Έφυγε αθόρυβα από τη ζωή στις 2 Οκτωβρίου του 1998 και χαρακτηριστική έμεινα για πάντα η φράση της : «…Με συμπαθάτε, αλλά το θάνατο τον έχω χεσμένο…»