Στις 20 Οκτωβρίου 2016 θα ξεκινήσει στο Τριμελές Εφετείο Πλημμελημάτων Ιωαννίνων η δίκη για τις ευθύνες της διεύθυνσης της Γαλακτοκομικής Σχολής Ιωαννίνων, για τις οποίες έχει σχηματιστεί ξεχωριστή δικογραφία από αυτή που αφορά στο θάνατο του Βαγγέλη Γιακουμάκη.
Στο εδώλιο θα καθίσουν ο πρώην διευθυντής της Σχολής, η υπεύθυνη της Εστίας, αλλά και ο πρώην υπουργός και ο βουλευτής, Χρήστος Μαρκογιαννάκης. Οι δύο πρώτοι κατηγορούνται για παράβαση καθήκοντος και ο τρίτος για το πλημμέλημα της ηθικής αυτουργίας σε παράβαση καθήκοντος.
Όπως αναφέρεται σε σχετικό δημοσίευμα της εφημερίδας Ελεύθερος Τύπος, πόρισμα του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης, το οποίο διαδραμάτισε καθοριστικό ρόλο στην απαγγελία των κατηγοριών, ανέφερε για τη διεύθυνση ότι «δεν ελήφθησαν τα προσήκοντα αυστηρά μέτρα, καθώς και δεν καταλογίστηκαν ποινές κατά των Κρητικών μαθητών που πρωτοστατούσαν σε βιαιότητες και απειλές σε βάρος τόσο του εξαφανισθέντος Βαγγέλη Γιακουμάκη όσο και σε βάρος άλλων μαθητών, από κανένα όργανο της Σχολής».
Ο Χρήστος Μαρκογιαννάκης κατηγορείται για παρέμβαση στη διεύθυνση της Σχολής, προκειμένου να μην τιμωρηθεί πειθαρχικά φοιτητής από την Κρήτη που προξένησε φθορές.
Ήδη, σύμφωνα με πληροφορίες έχουν σταλεί οι πρώτες κλήσεις στους μάρτυρες για τις 20 Οκτωβρίου. Το «παρών» θα δώσουν –μεταξύ άλλων- οι γονείς του Βαγγέλη Γιακουμάκη και ο πρώην πρόεδρος του Ελληνικού Γεωργικού Οργανισμού (ΕΛ.Γ.Ο.) «Δήμητρα», στον οποίο υπάγεται η Γαλακτοκομική Σχολή Ιωαννίνων.