Οι καταγεγραμμένες συνομιλίες που «έστειλαν» στο εδώλιο ιερέα από την Μεσσαρά για την κατηγορία της εμπορίας όπλων, δεν ελήφθησαν τελικά υπόψη από το δευτεροβάθμιο δικαστήριο μετά από σχετική ένσταση των συνηγόρων υπεράσπισης περί απολύτου ακυρότητας των συνομιλιών λόγω χρήσης παράνομου αποδεικτικού υλικού. Έτσι ο ιερέας και οι δύο συγκατηγορούμενοι του (για τους οποίους δεν υπήρχαν αντικειμενικά ευρήματα) απαλλάχθηκαν χθες από το Τριμελές Πλημμελειοδικείο Ηρακλείου με συνοπτικές διαδικασίες.
Στο πρωτοβάθμιο δικαστήριο και οι τρεις είχαν κριθεί ένοχοι και τους είχαν επιβληθεί ανά περίπτωση ποινές από 15 έως 18 μήνες με αναστολή. Ωστόσο στο δευτεροβάθμιο δικαστήριο η ένσταση των συνηγόρων υπεράσπισης, Λευτέρη Κάρτσωνα, Κώστα Πατρικαλάκη και Μαρίας Κοκοτσάκη, έγινε κατά πλειοψηφία δεκτή και έτσι υπήρξε διαφορετική ποινική αντιμετώπιση.
Η δικογραφία που διαβιβάστηκε στη Δικαιοσύνη τον Ιανουάριο του 2014 διαχωρίστηκε ως προς τα πλημμελήματα και τα κακουργήματα.
Σε ό,τι αφορά τις κακουργηματικές πράξεις, η εκδίκαση της υπόθεσης παραμένει σε εκκρεμότητα (λόγω αναβολών) ενώπιον του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων Ανατολικής Κρήτης.
Το κουβάρι της υπόθεσης άρχισε να ξετυλίγεται το 2013 όταν μία ανώνυμη καταγγελία τοποθέτησε τον ιερέα στο μικροσκόπιο της Ασφάλειας Ηρακλείου ως ύποπτο για εμπορία όπλων αλλά και αρχαίων αντικειμένων. Κινήθηκε η διαδικασία της άρσης τηλεφωνικού απορρήτου αρχικώς για το τηλέφωνο του κληρικού ενώ στην πορεία προστέθηκαν και άλλα πρόσωπα. Μεταξύ άλλων παρουσιάζει ενδιαφέρον το σημείο των συνομιλιών που αναφέρεται σε τρίτα πρόσωπα και αφορά στη φερόμενη κλοπή βαρύ οπλισμού από αυτοκίνητο στην περιοχή της Μεσσαράς. Γίνεται λόγος για καλάσνικοφ, υποπολυβόλα και χειροβομβίδες. Ο κλεμμένος οπλισμός αποδίδονταν σε έγκλειστο την περίοδο εκείνη στις φυλακές Αλικαρνασσού.