Σύμφωνα με την πρόσφατη πρόταση του Υπουργείου Παιδείας στα πλαίσια του σχεδίου «ΑΘΗΝΑ», προβλέπεται η κατάργηση του Γενικού Τμήματοςκαι η κατανομή του έμψυχου και υλικού δυναμικού του εντός του Ιδρύματος. Αν αυτό συμβεί, το Πολυτεχνείο Κρήτης θα συρρικνωθεί σε σημείο που καθιστά επισφαλή την ίδια την ύπαρξή του, μιας και το τοποθετείμε μόλις μία Σχολή πάνω από το προτεινόμενο όριο για συγχωνεύσεις. Πέραν τούτου, τυχόν κατάργηση του Γενικού Τμήματος θα υπονομεύσει την συνεκτική αρτιότητα, την πανεπιστημιακή σφαιρικότητα και την πληρότητα της εκπαιδευτικής και ερευνητικής συγκρότησης και λειτουργίας του Ιδρύματος,αποστερώντας του εκείνον ακριβώς τον θεμελιώδη κύκλο των βασικών επιστημών που καθιστά ένα ίδρυμα πανεπιστημιακό.
Λαμβάνοντας υπ’ όψιν αυτές τις παραμέτρους, μεταξύ άλλων, η Σύγκλητος του Πολυτεχνείου Κρήτης, στην συνεδρίασή της στις 27/2/2013,απεφάσισε να εισηγηθεί στο Υπουργείο την μετεξέλιξη του Γενικού Τμήματοςσε «Τμήμα Επιστήμης Μηχανικών»και όχι την κατάργησή του.Ως τέτοιο, το Γενικό Τμήμα, εκτός από μεταπτυχιακούς, θα δέχεται και προπτυχιακούς φοιτητές.Δεδομένου δε του χαρακτήρα του και των υπαρχουσών υποδομών, σημειώνεται εμφατικά ότι η πρόταση αυτή ουδεμία επιπλέον οικονομική επιβάρυνση επιφέρει.
Το Πολυτεχνείο ευελπιστεί σε στήριξη από την τοπική κοινωνία και τους φορείς της για τη θετική έκβαση του ζητήματος που συναρτάται άμεσα με την ανεξαρτησία του.