Κριτική για την υποχωρητική στάση που κράτησε η κυβέρνηση του ΣΥΡΙΖΑ απέναντι στην Εκκλησία ασκεί ο Νίκος Φίλης στο πλαίσιο παρέμβασής του σε διαδικτυακή κομματική εκδήλωση της Οργάνωσης Μελών Πέλλας (Γιαννιτσών). «Δεν υπήρξαμε τολμηροί» αναφέρει μεταξύ άλλων για το ζήτημα του διαχωρισμού Κράτους – Εκκλησίας, υποστηρίζοντας ότι έπρεπε να τεθεί από αξιακή σκοπιά έστω και αν δεν υπήρχαν οι συσχετισμοί για να προχωρήσει και να υλοποιηθεί.
Ο τομεάρχης Παιδείας του ΣΥΡΙΖΑ, εκφράζει πάγιες θέσεις του όχι μόνο για την ανάγκη διαχωρισμού Κράτους – Εκκλησίας αλλά και για το θέμα της διδασκαλίας των θρησκευτικών στη δημόσια εκπαίδευση. Αναφερόμενος στο θέμα των αλλαγών στα Θρησκευτικά που επιχείρησε να περάσει ως υπουργός Παιδείας αφήνει σαφείς αιχμές κατά του Αλέξη Τσίπρα ότι τον έδιωξε από το υπουργείο μετά από παρέμβαση της Εκκλησίας.
Σημειώνει χαρακτηριστικά στο σημείο που αναφέρεται στις αλλαγές στο μάθημα των θρησκευτικών – και για το οποίο λέει δεν ήταν προσωπική του πολιτική αλλά πολιτική του ΣΥΡΙΖΑ:
Για το μάθημα των θρησκευτικών, μπορεί να ήμουν εμπλεκόμενους – με την καλή έννοια το λέω – αλλά δεν συμφωνώ ότι το εγκαταλείψαμε. Μπορεί εγώ να έφυγα από το Υπουργείο γιατί μπήκε θέμα από την Εκκλησία. Πριν διώξει εμένα ο Τσίπρας από το Υπουργείο είχε διώξει ο Ιερώνυμος τους εκπαιδευτικούς, τους θεολόγους, που είχαν πάρει μέρος στην εκπόνηση των προγραμμάτων με τη συναίνεσή του, από τα διάφορα όργανα της εκκλησίας. Είναι λυπηρό η αριστερά να συμπράττει, έστω με αυτό τον τρόπο, δεν λέω ότι υπήρξε συνεννόηση, να συμπράττει σε τέτοιου είδους εκκαθαρίσεις στο χώρο της πολιτικής και στο χώρο της εκκλησίας. Αλλά αυτό έγινε. Και ο μετέπειτα υπουργός ο Γαβρόγλου συνέχισε το πρόγραμμα που είχαμε ψηφίσει και το οποίο με συναίνεση του Τσίπρα είχα περάσει στο υπουργείο, στη Βουλή, αυτά ήταν καταγεγραμμένα δεν ήταν προσωπική μου πολιτική και αυτό είχε δουλευτεί πριν έρθει ο ΣΥΡΙΖΑ» και ολοκληρώθηκε παιδαγωγικά μετά.
Επίσης, αναφερόμενος στα ζητήματα διαχωρισμού Κράτους – Εκκλησίας σημείωσε:
«Το σύνταγμα δεν μπορεί να κατοχυρώνει μια υπερέχουσα θέση της ορθοδοξίας έναντι των άλλων θρησκειών» και πως «η διατύπωση περί επικρατούσας που σύμφωνα με μια συνταγματική ερμηνεία παραπέμπει σε μια διαπίστωση για το ότι η πλειοψηφία των πολιτών είναι ορθόδοξη εκλαμβάνεται από το ΣτΕ και από άλλους φορείς ότι είναι μια προέχουσα θέση, δηλαδή μια αναίρεση της ανεξιθρησκίας. Αυτό πρέπει να πάψει να υπάρχει. Δεν εμφανιστήκαμε τολμηροί ως κυβέρνηση της Αριστεράς».
Περαιτέρω, υποστήριξε ότι η Αριστερά δεν μπορεί να κάνει ό,τι άλλες πολιτικές δυνάμεις, όπως η Δεξιά που ψηφοθηρεί με τα ζητήματα της Εκκλησίας και κάλεσε επανειλλημένως «να φύγουμε από την λανθασμένη αντίληψη ότι η Εκκλησία ελέγχει την κοινωνία. Δεν την ελέγχει, εμφανίζεται να έχει δύναμη πάνω από τα κιλά της επειδή το αποδέχεται η πολιτική εξουσία».