Το Β΄ Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας αποφάνθηκε ότι για τις υπερτιμολογήσεις και υποτιμολογήσεις εφαρμόζονται οι ειδικές διατάξεις που αφορούν το εισόδημα των επιχειρήσεων και δεν εφαρμόζονται οι γενικές διατάξεις περί εικονικών τιμολογίων και για το λόγο αυτό, διέγραψε δυο πρόστιμα ύψους 15.602.547 ευρώ που είχαν επιβληθεί σε εταιρεία εμπορίας ιατρικών, κ.λπ. μηχανημάτων, λόγω της έκδοσης «μερικών εικονικών τιμολογίων», σύμφωνα με τους ισχυρισμούς της αρμόδιας Δ.Ο.Υ.
Πραγματοποιήθηκε φορολογικός έλεγχος για τις διαχειριστικές περιόδους 2009-2010 σε εταιρεία με αντικείμενο το χονδρικό εμπόριο ιατρικών, χειρουργικών μηχανημάτων και εργαλείων και μετά τον έλεγχο η αρμόδια Δ.Ο.Υ. σύμφωνα με τον Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος (ΚΦΕ) επέβαλε για το 2009 πρόστιμο 8.832.734 ευρώ για την έκδοση «μερικώς εικονικών τιμολογίων» από εταιρεία της Κύπρου αξίας 4.416.362 ευρώ και για το 2010 πρόστιμο 6.769.813 ευρώ για την έκδοση «μερικώς εικονικών τιμολογίων» αξίας 3.384.906 ευρώ.
Σύμφωνα με την Δ.Ο.Υ η Κυπριακών συμφερόντων εταιρεία, εξέδιδε τιμολόγια προς την Ελληνική εταιρεία με τιμές -κατά μέσο όρο- 24% υψηλότερες από τις τιμές που κοστολογούνταν τα προϊόντα της. Στην συνέχεια τα εισαγόμενα προϊόντα πωλούντο στην Ελλάδα σε Δημόσια νοσοκομεία σε υψηλότερες τιμές. Αποτέλεσμα όλων αυτών ήταν να διογκούται κατά τρόπο τεχνικό το κόστος αγοράς σε βάρος των συμφερόντων του Ελληνικού Δημοσίου.
Μετά τον έλεγχο η Ελληνική εταιρεία κατέθεσε ενδικοφανείς προσφυγές κατά των αποφάσεων του προϊσταμένου της αρμόδιας Δ.Ο.Υ. με τις οποίες επιβλήθηκαν τα πρόστιμα, που όμως απερρίφθησαν σιωπηρά, και κατόπιν αυτού οι υποθέσεις οδηγήθηκαν από την Ελληνική εταιρεία στην Δικαιοσύνη.
Στο Διοικητικό Εφετείο Αθηνών η εταιρεία έχασε την δικαστική μάχη, καθώς κρίθηκε ότι μπορεί να εφαρμοστούν παράλληλα, τόσο το άρθρο 19 του νόμου 2523/1977 όσο και το άρθρο 39 του Κ.Φ.Ε. Στην συνέχεια η εταιρεία άσκησε αναίρεση στο ΣτΕ κατά της Εφετειακής απόφασης.
Το ΣτΕ, με πρόεδρο την Ειρήνη Σάρπ, εξέδωσε τις υπ΄ αριθμ. 984 και 985/2020 αποφάσεις του, που αναίρεσαν τις εφετειακές αποφάσεις, κρίνοντας ότι είναι εσφαλμένη η κρίση του Εφετείου, ότι μπορεί να εφαρμοστούν παράλληλα οι διατάξεις του νόμου 2523/1977 και του ΚΦΕ καθώς «οι περί υπερτιμολόγησης διατάξεις της φορολογίας εισοδήματος, ως ειδικές, αποκλείουν την παράλληλη εφαρμογή των περί εικονικών στοιχείων φορολογικών διατάξεων, με όλες τις εντεύθεν έννομες συνέπειες» και συνεχίζουν οι σύμβουλοι Επικρατείας:
«Δεν επιτρέπεται στις περιπτώσεις αυτές, όχι μόνο η σωρευτική επιβολή των προβλεπομένων από το νόμο 2523/1997 και ΚΦΕ προστίμων, αλλά ο εξωλογιστικός προσδιορισμός των οικονομικών αποτελεσμάτων της επιχείρησης, κατόπιν απορρίψεως των βιβλίων της ως ανακριβών λόγω της έκδοσης ή της αποδοχής εικονικών φορολογικών στοιχείων, δυνατότητα που άλλωστε αποκλείεται και από τις διατάξεις του ΚΦΕ (άρθρο 39 παράγραφος 1)».
Τέλος, αναφέρει το ΣτΕ, ότι «μη νομίμως ο προϊστάμενος της Δ.Ο.Υ. επέβαλε το πρόστιμο για λήψη μερικών εικονικών τιμολογίων, αλλά και μη νόμιμα απέρριψε την ενδικοφανή προσφυγή της εταιρείας».