Στις 21 Οκτωβρίου θα ξεκινήσει το πρωτάθλημα της Football League 2, με την Κρήτη να εκπροσωπείται με τρεις ομάδες στον νότιο όμιλο.
Στην πρεμιέρα ο Α.Ο. Χανιά αντιμετωπίζει εκτός έδρας την Προοδευτική, ο Ρούβας στο Μενίδι τον Αχαρναϊκό, ενώ η Επισκοπή θα έχει ρεπό.

Την 5η αγωνιστική υπάρχει το πρώτο κρητικό ντέρμπι ανάμεσα σε ΑΟΧ και Επισκοπή, την 8η η ρεθυμνιώτικη ομάδα θα υποδεχθεί τον Ρούβα και την 11η η ομάδα της Γέργερης θα φιλοξενήσει τον Α.Ο. Χανιά.

Αναλυτικά το πρόγραμμα:
1η αγωνιστική   14η αγωνιστική

(21/10/2012)       (10/2/2013)

Αχαρναϊκός – Ρούβας

Πανηλειακός – Καλαμάτα

Αστέρας Μαγούλας – Παναιγιάλειος

Γλυφάδα – Φωστήρας

Εθνικός Αστέρας – Κόρινθος

Προοδευτική – Α.Ο. Χανιά

ΡΕΠΟ: Επισκοπή

2η αγωνιστική   15η αγωνιστική

(4/11/2012)         (17/2/2013)

Επισκοπή – Αχαρναϊκός

Ρούβας – Πανηλειακός

Καλαμάτα – Γλυφάδα

Παναιγιάλειος – Εθνικός Αστέρας

Φωστήρας – Προοδευτική

Κόρινθος – Α.Ο. Χανιά

ΡΕΠΟ: Αστέρας Μαγούλας

3η αγωνιστική   16η αγωνιστική

(11/11/2012)       (24/2/2013)

Αχαρναϊκός – Πανηλειακός

Αστέρας Μαγούλας – Επισκοπή

Γλυφάδα – Ρούβας

Προοδευτική – Καλαμάτα

Α.Ο. Χανιά – Παναιγιάλειος

Κόρινθος – Φωστήρας

ΡΕΠΟ: Εθνικός Αστέρας

4η αγωνιστική   17η αγωνιστική

(18/11/2012)       (3/3/2013)

Αστέρας Μαγούλας – Αχαρναϊκός

Πανηλειακός – Γλυφάδα

Επισκοπή – Εθνικός Αστέρας

Ρούβας – Προοδευτική

Καλαμάτα – Κόρινθος

Παναιγιάλειος – Φωστήρας

ΡΕΠΟ: Α.Ο. Χανιά

5η αγωνιστική   18η αγωνιστική

(25/11/2012)       (10/3/2013)

Αχαρναϊκός – Γλυφάδα

Εθνικός Αστέρας – Αστέρας Μαγούλας

Προοδευτική – Πανηλειακός

Α.Ο. Χανιά – Επισκοπή

Κόρινθος – Ρούβας

Παναιγιάλειος – Καλαμάτα

ΡΕΠΟ: Φωστήρας

6η αγωνιστική   19η αγωνιστική

(2/12/2012)         (17/3/2013)

Εθνικός Αστέρας – Αχαρναϊκός

Γλυφάδα – Προοδευτική

Αστέρας Μαγούλας – Α.Ο. Χανιά

Πανηλειακός – Κόρινθος

Επισκοπή – Φωστήρας

Ρούβας – Παναιγιάλειος

ΡΕΠΟ: Καλαμάτα

7η αγωνιστική   20ή αγωνιστική

(9/12/2012)        (24/3/2013)

Αχαρναϊκός – Προοδευτική

Α.Ο. Χανιά – Εθνικός Αστέρας

Κόρινθος – Γλυφάδα

Φωστήρας – Αστέρας Μαγούλας

Παναιγιάλειος – Πανηλειακός

Καλαμάτα – Επισκοπή

ΡΕΠΟ: Ρούβας

8η αγωνιστική   21η αγωνιστική

(16/12/2012)       (31/3/2013)

Α.Ο. Χανιά – Αχαρναϊκός

Προοδευτική – Κόρινθος

Εθνικός Αστέρας – Φωστήρας

Γλυφάδα – Παναιγιάλειος

Αστέρας Μαγούλας – Καλαμάτα

Επισκοπή – Ρούβας

ΡΕΠΟ: Πανηλειακός

9η αγωνιστική   22η αγωνιστική

(23/12/2012)       (7/4/2013)

Αχαρναϊκός – Κόρινθος

Φωστήρας – Α.Ο. Χανιά

Παναιγιάλειος – Προοδευτική

Καλαμάτα – Εθνικός Αστέρας

Ρούβας – Αστέρας Μαγούλας

Πανηλειακός – Επισκοπή

ΡΕΠΟ: Γλυφάδα

10η αγωνιστική   23η αγωνιστική

(13/1/2013)          (14/4/2013)

Φωστήρας – Αχαρναϊκός

Κόρινθος – Παναιγιάλειος

Α.Ο. Χανιά – Καλαμάτα

Εθνικός Αστέρας – Ρούβας

Γλυφάδα – Επισκοπή

Αστέρας Μαγούλας – Πανηλειακός

ΡΕΠΟ: Προοδευτική

11η αγωνιστική   24η αγωνιστική

(20/1/2013)          (21/4/2013)

Αχαρναϊκός – Παναιγιάλειος

Καλαμάτα – Φωστήρας

Ρούβας – Α.Ο. Χανιά

Επισκοπή – Προοδευτική

Πανηλειακός – Εθνικός Αστέρας

Γλυφάδα – Αστέρας Μαγούλας

ΡΕΠΟ: Κόρινθος

12η αγωνιστική   25η αγωνιστική

(27/1/2013)          (28/4/2013)

Καλαμάτα – Αχαρναϊκός

Φωστήρας – Ρούβας

Κόρινθος – Επισκοπή

Α.Ο. Χανιά – Πανηλειακός

Προοδευτική – Αστέρας Μαγούλας

Εθνικός Αστέρας – Γλυφάδα

ΡΕΠΟ: Παναιγιάλειος

13η αγωνιστική   26η αγωνιστική

(3/2/2013)            (12/5/2013)

Ρούβας – Καλαμάτα

Επισκοπή – Παναιγιάλειος

Πανηλειακός – Φωστήρας

Αστέρας Μαγούλας – Κόρινθος

Γλυφάδα – Α.Ο. Χανιά

Προοδευτική – Εθνικός Αστέρας

ΡΕΠΟ: Αχαρναϊκός

Λευτέρης Αντωνακάκης