Τις παθήσεις για τις οποίες αποζημιώνεται η φαρμακευτική αγωγή αλλά και εκείνες που συνεπάγονται μηδενική συμμετοχή των ασφαλισμένων  αναφέρει κοινή υπουργική απόφαση των υπουργείων Υγείας και Κοινωνικής Ασφάλισης, που δημοσιεύτηκε στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης.
Δεν καταβάλλεται συμμετοχή για φάρμακα που χορηγούνται κατά την περίοδο κύησης και λοχείας, για την αντιμετώπιση των εργατικών ατυχημάτων, για φάρμακα που προμηθεύονται οι ασφαλισμένοι του ΕΟΠΥΥ από τα φαρμακεία ή τις αποθήκες του Οργανισμού ή τα φαρμακεία του ΕΣΥ καθώς και για τα υποχρεωτικά εμβόλια που περιλαμβάνονται στο Εθνικό Πρόγραμμα Εμβολιασμού.

Επίσης, μηδενική είναι η συμμετοχή για όλα τα φάρμακα που χορηγούνται στους  μεταμοσχευθέντες συμπαγών ή ρευστών οργάνων και ιστών, καθώς και στους παραπληγικούς και τους τετραπληγικούς και στους  πάσχοντες από AIDS.

Χωρίς να καταβάλλουν χρήματα θα λαμβάνουν τα φάρμακά τους και όσοι πάσχουν από μια σειρά ασθενειών. Ενδεικτικά αναφέρονται όλες οι μορφές καρκίνου, ο σακχαρώδης διαβήτης τύπου 1, οι ψυχώσεις, η επιληψία, οι βαριές μορφές αναιμίας, η μεσογειακή αναιμία, η αιμορροφιλία, η κυστική ίνωση, η άνοια και η νόσος Αλτσχάιμερ, η χρόνια ηπατίτιδα B και C, η νόσος Gaucher, η πνευμονική υπέρταση, η νεφρική ανεπάρκεια, η σκλήρυνση κατά πλάκας κα.

Τέλος, ορίζεται η συμμετοχή του ασφαλισμένου σε ποσοστό 10% για τις περιπτώσεις των εξής ασθενειών:  Νόσο του Parkinson και δυστονίες,  Άποιο διαβήτη, Χρόνια ρευματική βαλβιδοπάθεια και λοιπές βαλβιδοπάθειες, Χρόνια πνευμονική και καρδιοπάθεια και συγγενή καρδιοπάθεια, Συστηματικό ερυθυματώδη λύκο, Σκληροδερμία, Αγγειίτιδες, Αρθρίτιδες, Οστεοπόρωση και νόσο Paget, Μυασθένεια,  Φυματίωση, Χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια, Κληρονομικό αγγειοοίδημα.