Τον 15ο αιώνα υπήρχε στου Θυμέ το Αρμί ένα εκκλησάκι αφιερωμένο στη γέννηση της Παναγίας. Πιθανότατα οφείλει την ονομασία του στο τοπωνύμιο, αν και υπάρχουνε και άλλες εκδοχές, λιγότερο πιστικιές. Είχε ξύλινη στέγη και κατά την επανάσταση του Δασκαλογιάννη το κάψανε οι Τούρκοι. Στα επόμενα χρόνια εχτίστηκε στην ίδια θέση μια μεγάλη διμάρτυρη εκκλησία όπου το ένα κλίτος αφιερώθηκε πάλι στη γέννηση της Παναγίας και το άλλο στην Αγ. Τριάδα. Η εικόνα της Παναγίας εθεωρείτο θαυματουργή και ο κόσμος στις ανάγκες του αφιέρωνε ολόκληρες περιουσίες και δεν άργησε να πλουτίσει η Θ. Π. Εχτιστήκανε κελιά, απέχτησε καλογέρους, έγινε μοναστήρι. Ήτανε κοινόβιο μοναστήρι και δεν είχανε οι καλόγεροι δική τους ιδιοκτησία. Αναπτύχθηκε επί ενετοκρατίας, τότε που οι «Γαλινοτάτη Δημοκρατία» είχε καταργήσει την Αρχιεπισκοπή Κρήτης και τους ορθόδοξους 17 επισκόπους και ο μόνος ορθόδοξος επίσκοπος ήτανε αυτός του Φοίνικα (στο Λουτρό). Δεν εθεωρείτο σταυροπηγιακός ναός, διότι δεν έγινε με άδεια πατριάρχου μα με την άδεια του επισκόπου Φοίνικος.
Περιουσίες είχε ακόμα και στη μακρινή Ιεράπετρα, στον Σίβα Πυργιώτισσα, στον Εμπρόσνερο και σε πολλά χωριά των Σφακίων. Στα Σφακιά είχε 1.000 ελιές, αμπέλια, περβόλια (στη βρύση των Κομητάδων) και «συζευτάδες» (συνεταίρους) σε πρόβατα και μέλισσες. Το 1914 σε κατάλογο της περιουσίας που έκανε ο μονάχος Μελέτιος υπελογίζετο ότι άξιζε 21.000 δρχ. τότε που η χρυσή λίρα άξιζε 25 δρχ. Δεν εσυμπεριλαμβάνετο η περιουσία της Θ. Π. στην Ιεράπετρα. Εχτιστήκανε κελιά. Επήγανε καλόγεροι. Έγινε μοναστήρι η Θ. Π. Η αφιέρωση μιας περιουσίας στον Εμπρόσνερο διεσώθη και έχει ως ακολούθως:
«9-9-1833. Ηθέλησα εγώ ο Εμμανουήλ Κονταξάκης, από το χωρίον Πρόσνερον της επαρχίας Αποκορώνου και αφιερώνω εις την Θεοτόκο Θυμιανή αμπέλι 23 εργατών με ότι δεντρά είναι μέσα ήμερα και άγρια, με πατητήρι και δύο δοχεία. Εις θέση Καβούσι ένα χωράφι μουζουριών 5. Εις θέση Νησί χωράφι 3 μουζουριών με τα σπίθια και τις αυλές των και μια μουρνιά άσπρη και συκιά χειμωνική μία, για μνημόσυνο της ψυχής μου».
Ως μοναστήρι η Θ. Π. άνηκε στην επαρχία Σφακίων και τη διαχειριζότανε επίτροποι από διάφορα χωριά της επαρχίας.
Ως θαυματουργή εκκλησία ενέπνεε σεβασμό μα και επειδή ήτανε σε κέντρο της επαρχίας και ακόμα επειδή μπορούσε να φιλοξενήσει κόσμο, εκάνανε πολύ συχνά τις συγκεντρώσεις τους εδώ οι Σφακιανοί και εδώ ελάμβαναν τις αποφάσεις τους, μα εδώ ελήφθει και η μεγάλη παγκρήτια απόφαση περί κηρύξεως της επανάστασης του 1821 στις 29 Μαΐου, που 1500 άτομα από όλη την Κρήτη με ενθουσιασμό πήρανε την ιστορική απόφαση. Ακόμα συνηγορούσε το γεγονός ότι μπορούσανε να δέσουνε τα άλογά τους οι σύνεδροι στο εκτεταμένο Αρμί του Θυμέ. Μα και να πλαγιάσουνε πολλοί στα κελιά του μοναστηριού. Αμέσως μετά την απόφαση αυτή μαζευτήκανε 80 οκάδες ασημικά και χρυσαφικά από τις εκκλησίες των Σφακίων (τα πιο πολλά από τη Θ. Π. ) από αφιερώματα και πουληθήκανε για να αγοραστούνε πολεμοφόδια.
Την 1-5-1908 εσυγκεντρωθήκανε οι Σφακιανοί σε ένοπλο συλλαλητήριο, και διαμαρτύρονταν για το μπλοκάρισμα των κληροδοτημάτων Ξενουδάκη και Ζαμπελίου όπου η Κρητική Πολιτεία έλαβε τον 785/1908 νόμο δια του οποίου στο εξής εδιαχειρίζετο τα κληροδοτήματα 15μελή αιρετή επιτροπή. Πολλοί Σφακιανοί επί Τουρκοκρατίας ήτανε συστηματικοί ζωοκλέφτες όπου πήγαιναν στα Κατωμέρια και παίρνανε ολόκληρα τα κοπάδια των Τούρκων. Μα σαν φύγανε οι Τούρκοι ασκούσανε το «επάγγελμα» τους σε βάρος των δικών μας πια και μια Κυριακή του Ιουνίου του 1930 ήρθανε στη Θ. Π. ο νομάρχης Χανίων, ο εισαγγελέας Πρωτοδικών Χανίων, ο επίσκοπος Λάμπης και Σφακίων, οι Σφακιανοί βουλευτές και άλλες προσωπικότητες όπου είχανε καλέσει όλους τους Σφακιανούς από 17 μέχρι 77 ετών και τους όρκισε ο επίσκοπος να μη κλέβουνε μα και να μαρτυρούνε ότι πέφτει στην αντίληψή τους σχετικά με τη ζωοκλοπή. Αφού εθεωρείτο θαυματουργή εκκλησία η Θ. Π. σ’ αυτή πηγαίνανε και «ξεκαθαρίζονταν» όποιοι τους υποψιάζονταν, παίρνανε όρκο.
Με τον νόμο 533/1903 για να θεωρείται μοναστήρι μια εκκλησία έπρεπε να έχει πάνω από 6 καλόγερους μα η Θ. Π. ποτέ δεν είχε πάνω από 4 και έπαψε πια να θεωρείται μοναστήρι. Το 1905 εσυγχωνεύτηκε με το μοναστήρι του Πρέβελη και μεταφέρθηκε εκεί όλη σχεδόν η κινητή περιουσία της.
Το 1925 η ακίνητη περιουσία της Θ. Π. ηπήχθη στο Ταμείο Εφέδρων Πολεμιστών και εκποιήθηκε. Δεν είναι πια μοναστήρι η Θ. Π. Δεν έχει πια νοικοκυριά. Όμως αιωνίως θα είναι η Αγία Λαύρα της Κρήτης και αυτό είναι περιουσία.
Τον τελευταίο καλόγερο της Θ. Π. τον πρόλαβα. Το 1933 μας πήγε ο δάσκαλος μας εκδρομή στη Θ. Π. και ο καλόγερος Μελέτιος Σηφογιαννάκης ή Μαυρορράσης κατέβασε από τον δεύτερο όροφο των κελιών λουκούμια και μας κέρασε όλα τα παιδιά. Σε λίγες μέρες από τότε πέθανε και τον φέρανε και τον θάψανε στην Αγ. Ζώνη στα Νομικιανά γιατί καταγότανε από τον Βουβά.
Η Θ. Π. προσέφερε συχνά στην κοινωνία και στην παιδεία. Το 1820 είχε σχολαρχείο εκεί ο Ζαχαρίας Πρακτικίδης.
Τα κελιά της Θ. Π. τα χάλασαν οι Γερμανοί και φτιάξανε φυλάκιο στον Αγ. Παύλο, πιο κάτω στην παραλία. Τα κατεδάφισαν μετά οι δικοί μας και κάνανε στη θέση τους το υπόστεγο. Λάθος που εξαφάνισαν τα κελιά και λάθος που χάλασαν το κακότεχνο παμπάλαιο καμπαναριό, που είχε χάρη ως πρωτόγονο.
Στο υπ’ αριθ. 93 Β. Δ. του 1966 που περιλαμβάνονται και τα εξής:
«…… 1) Ορίζομεν ημέραν εορτασμού της επετείου της κηρύξεως εν Κρήτη της Επαναστάσεως του 1821 κατά του τουρκικού ζυγού της τελευταία Κυριακή του μηνός Μαΐου και τόπον εορτασμού την μονή Θυμιανής Παναγιάς της Επαρχίας Σφακίων……»
Πολλά στοιχεία για να γραφτεί το παρόν τα πήρα από το βιβλίο του Πάρι Κελαϊδή «ΘΥΜΙΑΝΗ ΠΑΝΑΓΙΑ ΣΦΑΚΙΩΝ»
Κανάκης Ι. Γερωνυμάκης