Το Νέο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων είναι πια γεγονός και πλέον ένας μεγάλος πολιτιστικός θησαυρός δίνει νέα αναπτυξιακή διάσταση και προοπτική στα Χανιά.
Στο Μουσείο αυτό, στην αίθουσα του ορόφου, εκτίθεται μέρος της συλλογής Κωνσταντίνου, Μαρίκας και Κυριάκου Μητσοτάκη, που περιέχει αντικείμενα τα οποία χρονολογούνται από την 4η χιλιετία π.Χ. έως τον 3ο αιώνα μ.Χ. Το μεγαλύτερο μέρος της προέρχεται από την Κρήτη. Η συλλογή έχει μελετηθεί και δημοσιευθεί, και θεωρείται από τις σημαντικότερες του είδους. Βρίσκεται στον πρώτο όροφο του Μουσείου και είναι σε ένα σημείο ξεχωριστό από την υπόλοιπη έκθεση. Δεν εντάσσεται δηλαδή στον εκθεσιακό περίπατο του μουσείου όπου κάποιος μπορεί να δει τον αρχαιολογικό πλούτο ολόκληρης της περιοχής.
Η συλλογή αυτή πριν 22 χρόνια είχε δωρηθεί από τον Κωνσταντίνο και τη Μαρίκα Μητσοτάκη στο ελληνικό κράτος. Δωρήθηκαν 1049 αντικείμενά της και η οικογένεια κράτησε στην κατοχή της 27. Σήμερα εκτίθενται λίγο παραπάνω από 300 αντικείμενα.
Όμως σε παλιότερα δημοσιεύματα από την δεκαετία του 70 και μετά -της εφημερίδας Ποντίκι, του Εθνούς κ.ά- προκύπτουν ερωτηματικά σχετικά με τον τρόπο που περιήλθαν τα ευρήματα στην κατοχή της οικογένειας Μητσοτάκη.
Σε αυτά αναφέρεται πως ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, είχε συλλογή αρχαιοτήτων καθώς είχε βγάλει άδεια συλλέκτη. Ενώ ήταν πρωθυπουργός, το 1991, το Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης, αποφάσισε να κάνει έκθεση με τα αντικείμενα της συλλογής του και η Ντόλλη Γουλανδρή έστειλε μία επιστολή στο Μουσείο Ηρακλείου ζητώντας του να δανείσει αρχαιότητες από την ανασκαφή που είχε γίνει στον αρχαίο τάφο στη Μεσαρά για να εκτεθούν πλάι σε εκείνες της συλλογής Μητσοτάκη που προέρχονταν από τον ίδιο χώρο. Αυτό εξόργισε τον τότε ανασκαφέα Αντώνη Βασιλάκη που είχε σκάψει στον τάφο αυτόν. Λόγω καιρικών συνθηκών σταμάτησε την ανασκαφή και κάλυψε το μέρος. Όταν επέστρεψε είδε έναν συλημένο τάφο.
Όταν πια στη διακυβέρνηση ήλθε το ΠΑΣΟΚ και επί υπουργίας Μ. Μερκούρη συστήθηκε ειδική επιτροπή – μέλος της ήταν και η κ. Βλαζάκη και ο κ. Βασιλάκης- η οποία και βρήκε κάποια αποδεικτικά στοιχεία, μεταξύ των οποίων και μια χρυσή ταινία κομμένη λοξά. Η μισή βρισκόταν στο μουσείο και υπόλοιπό της στη συλλογή Μητσοτάκη. Τα δύο κομμάτια εφάρμοζαν τέλεια.
Μάλιστα στα πρακτικά της Βουλής μπορεί να βρει κανείς την αρ. 4/23-10-93 ερώτηση της Βουλής που κατέθεσε ο βουλευτής κ. Θεόδωρος Κοκελίδης, που αφορά στην ιδιωτική αρχαιολογική συλλογή Κ. και Μ. Μητσοτάκη και σε συναφή θέματα προστασίας της αρχαιολογικής κληρονομιάς. Η τότε υπουργός Πολιτισμού Μελίνα Μερκούρη απαντά ανάμεσα σε άλλα: Για την συλλογή Μητσοτάκη, η οποία παραμένει με το έως τώρα υπάρχον καθεστώς στους συλλογείς, πρόκειται να διεξαχθεί Ένορκη Διοικητική Εξέταση από το ΥΠΠΟ για τις τυχόν υπηρεσιακές παραλείψεις από πλευράς Αρχ/κής Υπηρεσίας κατά τη διαδικασία απόκτησης της συλλογής, η οποία σημειώνουμε έχει αποκτηθεί σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις του Αρχαιολογικού Νόμου.
Όταν η Μελίνα πρότεινε τη σύσταση εξεταστικής επιτροπής για τον Κων. Μητσοτάκη
Οκτώβριος 1993, ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης έχει πέσει από την κυβέρνηση με την αποχώρηση του Αντώνη Σαμαρά και της ομάδας του και η χώρα οδηγείται σε πρόωρες εκλογές, που θα γίνουν στις 10 Οκτωβρίου και θα κερδίσει, για τελευταία φορά, ο Ανδρέας Παπανδρέου.
Ακριβώς μια εβδομάδα πριν, την Κυριακή 3 Οκτωβρίου, η Μελίνα Μερκούρη, καλή γνώστρια της υπόθεση με τη λεγόμενη “αρχαιολογική συλλογή Μητσοτάκη”, τα προϊόντα δηλαδή της αρχαιοκαπηλίας, κατηγορεί ανοικτά και δημόσια τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη για αρχαιοκαπηλία και προτείνει τη σύσταση Εξεταστικής Επιτροπής.
Είναι η εποχή που πλέον αρχίζει η ευρεία συζήτηση για την αρχαιοκαπηλία του πατέρα του σημερινού πρωθυπουργού. Και η Μελίνα μιλάει ανοικτά για το θέμα αυτό.
Η συνέντευξή της στο “Έθνος της Κυριακής της 3ης Οκτωβρίου 1993 είναι καταπέλτης για τον Κων. Μητσοτάκη.
Τα αρχεία δανειστήκαμε από το πλούσιο αρχείο του δημοσιογράφου Λάμπρου Παπαξενάκη και όπως θα δείτε είναι αποκαλυπτικά για την “ολοκληρωμένη έκθεση Μητσοτάκη”.


Είναι η εποχή που η Μαρίκα Μητσοτάκη απευθύνεται ειρωνικά προς τους Έλληνες, λέγοντας ότι τα αρχαία τα έβρισκε η γιαγιά της όταν έσκαβε τα χωράφια…
Το θέμα έκλεισε με τη δωρεά της συλλογής της οικογένειας στο ελληνικό Κράτος υπό συγκεκριμένους όρους (οι οποίοι και τηρούνται στην έκθεση στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων). Ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης είχε δηλώσει χαρακτηριστικά: «η συλλογή μας γίνεται κτήμα του λαού των Χανίων και της Κρήτης στην πολιτιστική κληρονομιά, του οποίου ανήκει. Τη συλλογή αυτή τη δημιουργήσαμε η γυναίκα μου και εγώ, με αγάπη, με φροντίδα, αλλά και με κόπο και με θυσίες. Δεν μπορώ να αποκρύψω ότι μας στοίχισε η συλλογή και πολλές πικρίες, γιατί δεχθήκαμε τελείως αδικαιολόγητες επιθέσεις, αλλά κλείνει αυτή η δυσάρεστη σελίδα της ελληνικής πολιτικής ζωής».