Μετά την επίθεση όμως των Γερμανών κατά της Ελλάδος (6 Απριλίου 1941), την βαθιά στην συνέχεια διείσδυση αυτών προς την Θεσσαλονίκη στις 9 Απριλίου του 1941 και την υποχώρηση του Ελληνικού Στρατού από το μέτωπο της Βορείου Ηπείρου, ύστερα δε από την αναχώρηση της Ελληνικήσ πολιτειακής ηγεσίας στην Μέση Ανατολή, ο Τσολάκογλου και ορισμένοι άλλοι ανώτεροι αξιωματικοί του Στρατού έλαβαν την πρωτοβουλία για συνθηκολόγηση, κρίνοντας εκείνοι πως κάθε αντίσταση στους κατακτητές θα ήταν μάταιη.
Έτσι, στις 20 Απριλίου 1941, ημέρα του Πάσχα, σε συνεννόηση με τον διοικητή του Α΄ Σώματος Στρατού, αντιστράτηγο Παναγιώτη Δεμέστιχα, τον διοικητή του Β΄ Σώματος Στρατού, αντιστράτηγο Γεώργιο Μπάκο, και τον Μητροπολίτη Ιωαννίνων Σπυρίδωνα, κατάργησε πραξικοπηματικά τον διοικητή Στρατιάς Ηπείρου Ιωάννη Πιτσίκα, ανέλαβε ο ίδιος διοικητής της Στρατιάς και υπέγραψε πρωτόκολλο ανακωχής με τον διοικητή της 1ης Μηχανοκίνητης Μεραρχίας Ες-Ες, υποστράτηγο Γιόζεφ (Σεπ) Ντήτριχ (Josef “Sepp” Dietrich), στο Βοτονόσι του Μετσόβου. Ο αρχηγός του Ελληνικού Στρατού, αρχιστράτηγος Αλέξανδρος Παπάγος, σε τηλεγράφημά του προς το Τμήμα Στρατιάς Ηπείρου, κατήγγειλε την πρωτοβουλία του Τσολάκογλου ως αντίθετη προς τα συμφέροντα της πατρίδας, διέταξε την αντικατάσταση του Τσολάκογλου και αγώνα «μέχρι εσχάτου ορίου δυνατοτήτων». Ήταν όμως ήδη αργά.
Την επόμενη ημέρα (21 Απριλίου) στην Λάρισα, ο Τσολάκογλου, «υπό το κράτος βίας», υπέγραψε ως διοικητής της Ελληνικής Στρατιάς Ηπείρου και Μακεδονίας την άνευ όρων παράδοση του Ελληνικού Στρατού στους Γερμανούς. Εκ μέρους των Γερμανών, το πρωτόκολλο της παράδοσης συνυπέγραψε ο αρχηγός των γερμανικών στρατευμάτων στην Ελλάδα, στρατηγός φον Γκράιφφενμπεργκ (von Greinffenberg).
Στις 23 Απριλίου, ο Τσολάκογλου αναγκάσθηκε να υπογράψει στην Θεσσαλονίκη και τρίτο πρωτόκολλο με τον Γερμανό στρατηγό Άλφρεντ Γιοντλ (Alfred Jodl) και τον Ιταλό στρατηγό Αλμπέρτο Φερρέρο (Alberto Ferrero), για να ικανοποιηθεί και το γόητρο των Ιταλών.
Στα απομνημονεύματα του,[1] ο Τσολάκογλου γράφει :
«Ευρέθην αντιμέτωπος ιστορικού διλήμματος : Ή ν’ αφήσω να συνεχισθή ο αγών και να γίνη ολοκαύτωμα, ή υπείκων εις τας παρακλήσεις όλων των ηγητόρων του στρατού ν’ αναλάβω την πρωτοβουλίαν της συνθηκολογήσεως… “Τολμήσας” δεν υπελόγισα ευθύνας… Μέχρι σήμερον δεν μετενόησα δια το τόλμημά μου. Τουναντίον αισθάνομαι υπερηφάνειαν.»
Στις 30 Απριλίου του 1941 και ώρα 11 το πρωί ο Τσολάκογλου, χωρίς την παρουσία του Αρχιεπισκόπου Χρύσανθου, που είχε αρνηθεί να τον ορκίσει, με το επιχείρημα ότι είχε ήδη ορκίσει εθνική κυβέρνηση[2], ορκίσθηκε από μόνος του (- διορίστηκε) στα Παλαιά Ανάκτορα, (σημερινή Βουλή), παρουσία των ανωτάτων διοικητών των δυνάμεων κατοχής, θέση στην οποία παρέμεινε μέχρι τις 2 Δεκεμβρίου του 1942.