Τον 14ο αιώνα μ.Χ. επακτάθηκε στον μακεδονικό χώρο η σερβική αυτοκρατορία του Ντουσάν. Ο Απ. Βακαλόπουλος σημειώνει ότι όταν στα 1331 ανέβηκε στον θρόνο της Σερβίας ο Στέφανος Ντουσάν, τα σύνορα, μεταξύ Βυζαντίου και Σερβίας, στον μακεδονικό χώρο ήταν βορειότερα από τις Σέρρες, το Μελένικο, τη Στρώμνιτσα, το Πρίλαπο και την Αχρίδα, δηλαδή πιο επάνω από τα σημερινά ελληνικά σύνορα. Ήταν όμως βραχύβια η σερβική κατοχή και έτσι δε μεταβλήθηκε ουσιαστικά ο εθνολογικός χαρακτήρας της Μακεδονίας.
Το 1389 όμως, μετά τη μάχη του Κοσυφοπεδίου, η τουρκική κυριαρχία στη Μακεδονία εδραιώθηκε. Στις 29 Μαρτίου του 1430 καταλήφθηκε η Θεσσαλονίκη από τους Τούρκους. Τα δημογραφικά δεδομένα άλλαξαν. Έγινε μαζικός εποικισμός με Γιουρούκους, από τις ανατολικές περιοχές της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Ιδρύθηκαν πολλοί οικισμοί από Έλληνες σε ορεινές περιοχές. Το 1478 στη Θεσσαλονίκη κατοικούσαν περίπου 11.000 άνθρωποι. Από αυτούς οι 6.000 ήσαν Χριστιανοί, οι 4.300 Μωαμεθανοί και 300 Εβραίοι. Μετά το 1492 μεγάλες ομάδες Εβραίων κατάφυγαν στη Θεσσαλονίκη, τη Βέροια, το Μοναστήρι, τις Σέρρες, την Καβάλα, τη Δράμα και αλλού, μετά την εκδίωξή τους από την Ισπανία.
Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης η οικονομική και πνευματική «ελίτ» βρήκε καταφύγιο στη Δύση. Όσοι χριστιανοί δεν μπόρεσαν να αντέξουν τη σκληρότητα του οθωμανικού ζυγού και τις ταπεινώσεις, ασπάσθηκαν τον ισλαμισμό, όπως για παράδειγμα οι Βαλαάδες.
Οι Βαλαάδες έλεγαν ότι ήταν Έλληνες. Πρόεχονταν από την περιοχή των Γρεβενών. Εξισλαμίστηκαν βίαια στα μέσα του 17ου αιώνα, όπως έγινε και με τους κατοίκους της περιοχής της Ενωτίας, (σήμερα Νότια) και σε άλλα μέρη. Οι Βαλαάδες, όμως, δεν ξέχασαν ποτέ τα Ελληνικά, αλλά ούτε μίλησαν ποτέ τα Τούρκικα. Έμειναν ως το τέλος ελληνόφωνοι. Ζούσαν στα χωριά Πηγαδίτσα, Κάστρο, Κυρά-Καλή, Τσούρκλι κ.ά., τα οποία μετά την αναχώρηση και τον αναγκαστικό ξεριζωμό τους στην Τουρκία κατοικήθηκαν από Έλληνες πρόσφυγες της Μικράς Ασίας.
Το 1600 άρχισε οι οικονομική ανάπτυξη της Μακεδονίας που έκανε τη Θεσσαλονίκη εμπορική πύλη της Ευρώπης. Υπήρξε πολυπληθές μεταναστευτικό κύμα κυρίως από τη Μακεδονία προς την Κεντρική Ευρώπη και τις ηγεμονίες της Βλαχίας και Μολδαβίας. Επίσης ειρηνικές μετακινήσεις προς και από τη Μακεδονία στα Βαλκάνια για αναζήτηση εργασίας. Στις κοινότητες τις οποίες οι Μακεδόνες δημιουργούσαν στην ξενιτιά, φρόντιζαν, πρώτιστα, να κτίσουν εκκλησίες. Στις περιπτώσεις που οι τόποι υποδοχής τους ήταν σε σλαβικές περιοχές (παρατηρείται ότι κριτήριο επιλογής τους ήταν να υπάρχει κοντά θάλασσα ή ποτάμι) συνεργάζονταν με τους Σλάβους, ώστε μια Κυριακή ή περισσότερες τον μήνα να τελείται η θεία λειτουργία στα Ελληνικά. Ενίσχυαν με κάθε τρόπο τις οικογένειές τους στην πατρίδα, αλλά και γενικότερα τους Έλληνες στη Μακεδονία. Σχετικά με τα παραπάνω διαφωτιστικό είναι το έργο του Κ. Βακαλόπουλου «Οι Απόδημοι της Δυτικής Μακεδονίας».
Το 1700 η περιοχή από τη Θεσσαλονίκη μέχρι τη Θεσσαλία ήταν σχεδόν έρημη, ενώ από τη Θεσσαλονίκη προς την Καβάλα ήταν συγκριτικά πυκνοκατοικημένη και καλλιεργημένη. Γενικά, παρατηρήθηκε μια πολύπλευρη άνοδος του ελληνικού στοιχείου στον οικονομικό, κοινωνικό και εκπαιδευτικό τομέα και αυτό είχε ως αποτέλεσμα την πλήρη επικράτηση της ελληνικής, πνευματικής και πολιτιστικής, επιρροής στην περιοχή. Με τη συμπαράσταση του ελληνικού κλήρου, οι χριστιανοί στη Μακεδονία ενδυνάμωσαν τη συνείδηση της ελληνικής τους ταυτότητας. Κατά την περίοδο αυτή, τον 18ο αιώνα, ένα δημοφιλές ανάγνωσμα ήταν η «Φυλλάδα του Μεγαλέξαντρου».
Σημαντική υπήρξε η συνεισφορά του Ευγένιου Βούλγαρη (1716-1806) που ίδρυσε ελληνικά γυμνάσια στην Κοζάνη και τη Σιάτιστα, και την Αθωνιάδα Σχολή στο Άγιο Όρος, την περίοδο 1745-1750. Από το 1760 έως το 1779 στην περιοχή περιόδευσε και ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός.
Η κατάσταση στη Μακεδονία επιδεινώθηκε μετά την επανάσταση του Ορλώφ, το 1770, όταν δόθηκε μυστική διαταγή στους σατράπες της Ρούμελης να εκβιάζουν τους Χριστιανούς για να τουρκέψουν και, δυστυχώς, αυτό γινόταν από το 1770 έως το 1820. Ενώ το κέντρο της επανάστασης εξ αιτίας των Ορλωφικών βρισκόταν στη Νότια Ελλάδα, η Μακεδονία, δοκιμάστηκε επίσης. Ένας από τους οργανωτές της επανάστασης ήταν ο Γιώργος Παπάζογλου, λοχαγός της αυτοκρατορικής φρουράς της Μεγάλης Αικατερίνης, ο οποίος καταγόταν από τη Σιάτιστα. Στις πολεμικές επιχειρήσεις πήραν μέρος πολλοί Μακεδόνες οπλαρχηγοί, όπως ο Ζιάκας, ο Ζήνδρος, ο Λάζος, ο Μπλαχάβας, ο Τότσκας κ.ά. Υπάρχουν τραγούδια στην περιοχή της Κοζάνης όπως στην Εράτυρα, που εξυμνούν τα κατορθώματα του Ζιάκα. Με τα Ορλωφικά, το 1761, εξαπολύθηκαν διωγμοί και πραγματοποιήθηκαν σφαγές από Τουρκαλβανούς στην Ήπειρο και νοτιότερα. Υπέφεραν και μακεδονικές περιοχές, επιπρόσθετα, επειδή οι Τούρκοι ήθελαν να αντιμετωπίσουν τις πολεμικές τους δαπάνες.